Le joueur va incarner les Toa Inika et utiliser leurs incroyables pouvoirs pour vaincre les adversaires. De nombreuses créatures Bionicle extrêmement dangereuses sont présentes sur l'île, toutes nées du pouvoir démoniaque des Piraka. Il faudra affronter des hordes d'ennemis dans chacun des six mondes élémentaires et vaincre tous les Piraka pour reprendre le Masque de Vie et ramener la paix sur l'île.