Après la défaite des démons Genma et du tyran sanguinaire Nobunaga, les guerriers Onimusha déposèrent leurs épées et arrêtèrent le combat. Mais cette paix provisoire ne dura que cinquante ans. Le 29 juin 1596, une aube rouge sang se lève sur le Japon. Le nouvel empereur Hideyoshi lance le déracinement de tous les cerisiers. Les démons Genma refont leur apparition, dirigés par Hideyoshi. Une fois de plus, les guerriers Onimusha doivent s'unir pour combattre ensemble ce nouvel ordre et sauver le monde de cette nouvelle menace malfaisante.