Voulant mourir dignement, Hanshiro, un samouraï sans ressources, demande à accomplir un suicide rituel dans la résidence du clan Li, dirigé par le chef Kageyu. Essayant de décourager Hanshiro, Kageyu lui conte l'histoire tragique d'un jeune rônin, Motome, venu récemment avec la même requête. Hanshiro est traumatisé par les détails horrifiants du sort qui fut réservé à Motome mais il persévère dans sa décision de mourir dans l'honneur. Au moment de se faire hara-kiri, il présente une ultime requête: il désire être assisté dans son acte par trois lieutenants de Kageyu, qui sont absents tous les trois, par une étrange coïncidence. Méfiant et furieux, Kageyu demande à Hanshiro de s'expliquer. Ce dernier révèle ses liens avec Motome et livre le récit doux-amer de leurs vies. Kageyu comprendra bientôt que Hanshiro s'est lancé dans une épreuve de force. Les codes de la chevalerie des samouraïs s'en trouveront bousculés dans leurs certitudes, pour mieux réapparaître dans leur humanité...

Miike réalise un remake du film de Kobayashi (1963). Loin des délires visuels et narratifs qui caractérisent son oeuvre, "Hara-kiri" est un film de chambara posé et réflexif qui, chose rare, se hisse à la hauteur de son modèle original.