La genèse de l'humanité pourrait-elle être d'origine extraterrestre? Les agents Mulder et Scully découvrent un objet extraterrestre qui pourrait expliquer l'origine de l'homme. Mais Mulder développe une maladie mortelle sans doute liée à cet objet. Pour le sauver, Scully va combiner science et mysticisme afin de découvrir l'origine du mal et décrypter son code génétique. Entre-temps, un obscur carnet révèle l'impensable collusion de l'assistant directeur Skinner, de Krischgau, de l'agent Fowley et de l'homme à la cigarette dans un enchaînement d'événements étroitement liés au sort de Mulder.

Trois épisodes des saisons 6 (1998-1999) et 7 (1999-2000).